Dernier maillon de la chaîne alimentaire, le Gypaète est un charognard exclusif, c'est-à-dire qu’il se nourrit d’animaux morts, principalement les carcasses d’Ongulés sauvages (bouquetins...) et domestiques (moutons...). Ces animaux sont morts soit de cause naturelle (vieillesse...) ou accidentelle (avalanche...). La présence du Gypaète barbu dépend donc fortement de la présence et de la variation des carcasses.
Il joue ainsi le rôle de nettoyeur de la nature : il prévient ainsi le développement de maladies, casse le cycle de certains parasites et contribue à limiter la pollution des ressources en eau. Mais, à ce titre, il est également plus sensible aux contaminants et polluants qui s’accumulent tout le long de la chaine alimentaire.
Plus particulièrement, il se nourrit essentiellement d’os, complété par un peu de viande et de tendons. Cette nourriture lui apporte toute l’énergie nécessaire à sa vie de Gypaète.
Le Gypaète est parfaitement adapté à la consommation de ce type de nourriture, à la fois par son comportement, par son gosier élastique et par son système digestif.
Lorsqu'un os s'avère trop gros pour être englouti tel quel, il le saisit entre ses serres ou dans son bec, s’envole et le lâche au-dessus d’un pierrier, dit pierrier de cassage. De là vient son surnom de casseur d'os.
Le Gypaète est capable d’avaler des os de la taille d’une patte de chamois (environ jusqu’à 25 cm)! Grâce à des mandibules très élastiques, le Gypaète avale son os à force de contentions de la tête et du cou. Ensuite, c’est l’action acide de l’estomac qui fait le reste !
Un Gypaète a un besoin journalier de 300 à 400 g en fonction de la saison mais il peut supporter de jeûner, comme tous les rapaces, pendant plusieurs jours.